負面影響

樓宇安全

高鐵工程橫跨多個地區，包括大角咀、葵涌和元朗等地區興建地底隧道，影響樓宇安全。媒體報導指高鐵的隧道鑽挖機經過大角咀地底時，區內的路面出現陷落小塊，部分樓宇出現裂痕，商戶和住戶的閘門因地陷或震盪以致變形並難以開關；鑽挖聲更造成滋擾使居民無法入睡。專家認為大角咀的地底岩層土層結構脆弱，高鐵隧道太近樓宇樁柱，有些舊樓甚至無樁，故有沉降或塌樓的危機。另外，高鐵於元朗牛潭尾興建通風設施及鑽挖隧道，使該地水土流失、地層移動及沉降，牛潭尾十數間村屋牆身滿佈裂縫，甚至橫樑裂開、石屎碎裂，當地居民人心惶惶。截至2012年底，港鐵接獲超過200宗相關投訴，亦接收超過80多宗裂樓個案。

環境污染

高鐵於元朗牛潭尾村進行工程時，村內三分一的水井枯乾、溪水受到污染，使村民生活和養魚業大受影響，香港大學專家指，愈接近高鐵豎井的水井，有明顯的水位下降，大量地下水流失；村民表示若回灌自來水，則不適宜養魚，估計需要「十年八載」才能回復原狀。

工人罷工

2013年8月26日，葵涌昌榮路高鐵地盤有二百多名工人罷工，不滿建築商的遲到扣薪方案、工作環境惡劣及薪酬不合理。該地為廣深港高鐵香港段的荃灣部分，工程用以搭建隧道到鐵路主要通道。工人不滿遲到或提早出閘要扣減薪酬；用膳時間不得外出；隧道機械多、溫度高且通風差，部分工序釋放濃煙會影響健康；工人被強逼加班和薪酬待遇不合理等。經勞工署介入斡旋，資方和勞方達成協議，資方願意撤回扣薪制方案、准許工人返回地面用膳、以及回復半小時休息時間，並稍後商討加薪方案，工人亦結束13小時的罷工。

菜園村事件

菜園村位於新界石崗橫台山，是廣深港高鐵列車停車側線及緊急救援站的所在地，當地村民因為政府循清拆寮屋的方式要求清拆村落的問題而發生爭議。不少村民在該地居住了數十年，在當地從事養豬、種菜等農業，希望維持「新界既有的生活模式」，指責工程師設計時沒有考慮到當地村民，因而拒絕遷出。事件引來村民與香港保育人士的迴響，村民以「不遷不拆」為基本要求，在2008年11月起開展了一系列的抗爭活動，包括印製及派發特刊、到政府部門抗議和舉行音樂會等，務求使公眾及政府關注他們的要求。

2009年10月20日，特區政府落實興建廣深港高鐵香港段，菜園村將不遲於2010年10月全面清拆。雖然居民可於2010年1月底前接納政府的特惠補償，惟他們必須在收到補償後的1個月內遷出。村民其後不再堅持「不遷不拆」，而要求政府將整個菜園村覓地重置，政府初步反應正面。當所有受影響的村民已在2010年2月底前‎登記特惠補償金，政府卻沒有理會村民的安置安排，按照港鐵要求，如期於2010年10月起進行收地行動，衝突事件陸續發生。菜園村事件亦成為了反高鐵運動的導火線。

隱瞞真相

2014年4月28日，立法會鐵路事宜小組成員到西九龍總站視察，質疑港鐵和政府於去年提交立法會的文件有誤導。文件中表示總站已挖掘至地底第四層，即B4層，但議員視察後發現B4層有大量花崗岩未處理，質疑有人隱瞞真相。港鐵承認去年交代報告時未提及部分總站北翼建築物未挖至B4層。另外，議員稱有港鐵人員表示，在工程勘探期間，港鐵避開了當時仍是高爾夫球場的範圍，即高鐵總站位置，認為是不合理，甚至是「國際笑話」。