建設緣起

2000年

香港政府發表《鐵路發展策略2000》報告，當中提及的「區域快線」為一條連接香港市區與香港及深圳邊界的一條快速鐵路。當中定線包含多個方案，均由原有九廣東鐵（即東鐵線）的紅磡站開始，途經石硤尾站、錦上路站或擬建的粉嶺南站，接駁羅湖或新的邊境口岸。報告亦提到，如果把「區域快線」由九龍的紅磡延伸至港島的中環，會更具吸引力。

2005年

「區域快線」其後發展成廣深港高速鐵路香港段，與中國的深圳和廣州的高速鐵路連接。政府建議香港段的總站設於新界北部的洲頭或西九龍，其中西九龍在交通接駁、對環境影響及對港島、九龍等市區的吸引力等方面較佳；洲頭則有比較低的成本的優勢，並對荃灣和新界的乘客有比較大的吸引力。政府認為將總站設於西九龍，在整體運輸效益方面比較洲頭為佳。

2006年

政府考慮以「共用通道方案」或「專用通道方案」建設廣深港高鐵香港段。「共用通道方案」分別和現有港鐵西鐵線（西九龍附近至錦上路一段）和擬興建的北環線（錦上路至洲頭附近一段）共用路軌，再以轉駁一條3公里長的隧道進入中國大陸，如此廣深港高鐵的總行車時間為60分鐘。「專用通道方案」為興建一條全新的鐵路軌道，直接由西九龍總站接駁至廣深段，是以廣深港高鐵的總行車時間為48分鐘，興建成本較「共用通道方案」多出47%。

2月6日，行政會議指示九廣鐵路公司以「共用通道方案」作進一步規劃，即興建北環線連接落馬洲，及使用現有西鐵線及九龍南線的部份路軌，終點站設立於西九龍，全長30公里；預計每小時列車數目為3至5班。

2007年

1月份，中華人民共和國鐵道部決定在廣深港高鐵增設深圳福田站，並表示來往香港的高速列車將會比較預期為多，預計2020年將會有10個城市開辦每日共15對長途直通列車；2030年，長途直通列車更會增加至每日共23對。當時，香港政府仍未決定採用「專用通道方案」或是「共用通道方案」。 5月19日，九廣鐵路公司完成對廣深港高鐵香港段的研究報告，傾向採取「專用通道方案」，以全隧道方式接駁西九龍與香港邊境禁區，造價約300億港元，預計七年後通車。

8月2日，香港政府在粵港聯席會議第10次會議上提出決定以「專用通道方案」興建廣深港高鐵香港段，總站設立於擬議中的西九龍。屆時由西九龍至深圳福田，往來只需要13分鐘；由西九龍至廣州南站，亦只需要約48分鐘。

10月，廣深港高鐵香港段成為行政長官曾蔭權所發表的《施政報告》的《十大建設計劃》之一。

12月2日，九廣鐵路與香港地下鐵路合併成為港鐵公司，廣深港高鐵香港段的統籌事務亦轉交由港鐵公司負責。

2008年

1月2日，港鐵展開首兩項招標，包括一條26公里長的路軌隧道及西九龍總站的初步設計，並且研究於西九龍總站上蓋發展地標式摩天大樓的可行性。

4月22日，行政會議批准港鐵對廣深港高鐵香港段進行進一步的規劃及設計。路線採取「專用通道方案」的中線方案，西九龍總站亦計劃延伸至西九龍文娛藝術區的地底，屆時總站將可以容納14座月台。行政會議同時批准港鐵根據服務經營權的模式營運廣深港高鐵香港段50年，但由於融資方式的改變，香港政府沒有批准將西九龍總站上蓋交予港鐵發展。

10月1日，港鐵公佈新的走線方案。

11月28日，香港政府按照《鐵路條例》將廣深港高速鐵路香港段的方案刊憲。

2009年

2月24日，中國鐵道部和香港運輸及房屋局在香港簽署有關於廣深港客運專線，即廣深港高鐵香港段與廣深段的銜接技術安排備忘錄。根據備忘錄安排，鐵道部與香港政府將會繼續加強溝通，爭取實現廣深港高鐵香港段在2009年內啟動工程及其他相關的一切安排，並將香港納入中國高速鐵路網路中。

10月20日，香港政府落實興建廣深港高速鐵路香港段，石崗橫台山菜園村將會全面清拆，香港政府動用了20億港元作為收回土地，當時150戶村民中有80多戶接受了補償；另一方面，仍然有部份村民拒絕搬遷。

12月18日，因建設高鐵的爭議不斷，香港立法會財務委員會推遲香港政府對興建廣深港高鐵香港段涉嫌669億港元的撥款申請，延期至2010年1月8日再度審批申請。

2010年

1月8日，立法會召開財務委員會會議，議員就廣深港高鐵香港段的撥款提出多個問題，包括撥款金額、出入境安排、菜園村清拆和賠償等，當時立法會門外亦有示威行動，結果財委會在規定時間仍未能進行有關表決，延至1月15日至16日連續兩日再次審議。

1月16日下午6時半，經過長達15輪、170多次的提問，立法會財務委員會正式通過撥款申請。

1月27日，廣深港高速鐵路香港段動工。走線所途經的油尖旺、深水埗、葵青、荃灣及元朗的各項相關建造工程亦陸續展開。