爭議港珠澳大橋自動工以來一直引發多方面的爭議，包括早期的司法覆核、工程超支、結構安全問題及工傷意外。 司法覆核
2010年1月，一名市民向港珠澳大橋的空氣質素影響評估提出司法覆核。2011年4月，因為涉及違反《環境影響評估條例》的要求以及其立法宗旨，高等法院判決環境保護署署長敗訴，並決定撤銷對工程批出的環境許可證，令香港段工程被迫延遲動工，後來環保署署長上訴得直。 工程超支
港珠澳大橋工程曾多次因工程超支而追加撥款。主橋工程方面，最初造價估算約376億元人民幣，三地政府共注資157.3億元，其中港府分擔67.5億元，分攤比例約43%，餘額由三方共組的管理機構以銀行貸款形式融資。然而運房局2017年年底公布，受人工及材料成本上漲、設計調整等影響，工程超支近100億元，三地政府將承擔當中46億，按照項目立項時的攤分比例，港府需承擔約20億元人民幣。 至於香港段工程部分，根據立法會文件，2011年就大橋香港接線及口岸工程通過的撥款分別為161.9億元港幣及304.3億港幣。及後政府表示司法覆核案令工程延遲，2012年就接線工程申請增加撥款約88.6億元。2015年，政府再指口岸工程因建築工資、建材及機械等成本上調而超支，申請追加54.6億元撥款。
2014年7月至2015年6月期間，為港珠澳大橋工程項目混凝土磚做壓力測試的工地實驗室兩度偽造結果，但政府2016年才揭發事件。事件令大眾擔心港珠澳大橋涉及結構安全問題，若處理不善會令大橋變「豆腐渣」工程，破壞香港聲譽。土木工程拓展署在2017年再測試混凝土硬度，結果全部達標。
2017年9月，屯門至赤鱲角連接路海底隧道進行工程期間，管道牆壁爆裂，大量泥水噴入隧道，半分鐘後情况才受控。路政署表示有關位置尚未完成永久防水工程，出現「地下水進入」，承建商已立即處理，未對工程質量或設備構成影響。 工傷意外
港珠澳大橋工程自動工以來，發生200多宗工業意外，造成最少10人死亡，多人受傷。工友曾透露因為工程緊迫，工友安全意識低，多次冒險違反安全程序工作。勞工處2017年4月在立法會表示已加強人手巡查和監督施工工程，並多次發出暫時停工通知、敦促改善通知書和檢控，向工人宣傳教育職業安全，又稱發生工業意外後，會調查意外和研究持責者的法律責任。 |
