停止營運

2019年，香港爆發反對逃犯條例修訂草案運動，對航空公司收益造成負面影響，由2019年10月28日作出以下客運運力調整。

2020年，因應2019冠狀病毒病疫情導致香港往返各地的航班客量大幅下跌，國泰港龍航空大幅調低運載力，往來中國內地航班更只保留往來上海-浦東及北京-首都的部分航班。

2020年6月9日國泰航空向香港交易所提交公告稱，該公司將向香港特區政府發行優先股與認股權證，並接受對方過渡貸款，合共273億港元。英資太古集團仍將維持最大股東地位，持股比例為42%，港府與屬中國央企的中國國際航空將合共持股超過30%。

政府推出保就業計劃，透過向僱主提供有時限的財政支援，協助他們支付員工的薪金，以保留可能會被遣散的僱員。在第一輪計劃中，國泰航空及旗下多間公司，包括國泰港龍及香港快運，合共獲得逾7億元補貼。2019年10月28日，國泰航空企業事務總經理黃文傑則表示，因應縮減的旅遊市場，將不能避免地需要重設合適的航空公司規模，且旗下國泰航空和港龍不會申請第二輪保就業計劃。

2020年10月21日，國泰港龍航空的母公司國泰航空宣佈通過重組計劃並大幅度裁員。國泰航空公告指出，集團全球僱員3.5萬人，這次被裁減就業崗位佔現有僱員人數24%。計劃裁掉的8500個職位當中，2600個實際上是沒有填補的空缺，實際被裁香港基地員工共有5300人，外地僱員約600人。

國泰航空主席賀以禮（Patrick Healy）在線上記者會中稱，國泰集團的客運收入跌至只有新冠疫情爆發前的2%至3%，須接受包括政府注資在內的再融資計劃。賀以禮說：「要與我們這麼多的優秀同事分道揚鑣，是個讓人痛心的決定。我們對此給受影響人員及其家屬所造成的焦慮不安感到十分抱歉。」

國泰公告稱，裁員重組牽涉22億港元成本支出，預計重組後每月可節省約5億港元現金開支。獲保留員工方面，公告稱國泰航空「將要求駐港機艙服務員（空服員）及機師（飛行員）同意更改其服務條件，以達至包括令薪酬更貼近生產力及提升市場競爭力的目標」。

香港電台引述一位在國泰港龍任職25年的員工說，國泰集團決定結束港龍品牌讓人「極度沈重」，因為港龍是香港的象徵，標誌著香港盛衰。特區政府運輸及房屋局局長陳帆在立法會回答記者提問時，語帶哽咽。陳帆說：「我們明白這次事情令香港一家固有品牌——國泰港龍——停止運營，我相信大家都感到惋惜。也令到數以千計員工失去工作，我們感到難過。但這是一個現實。我相信大家都明白，在當下新冠病毒病大流行的情況下，這個境況也不是香港能避免的。」

港龍工會的梁佩韻在媒體會面時說：「港龍是我們的家，是我們的終身職業，我們的同事就是我們的家人。我們沒時間、沒機會去跟家人道別，這樣的方式是（讓人）難以接受的。再多的賠償都不能彌補我們港龍這種很團結的文化。在國泰這樣的大集團裏面是很少見的。我們曾經是港龍的一份子，我們很驕傲。」

同日宣佈國泰港龍航空停止營運，即時生效。計劃在完成與各國民航監管部門的交接程序後，大部分航線交由國泰航空及同系香港快運航空營運，機隊全部轉至國泰名下。在停運前，國泰港龍航空的最後一班航班為KA294航班，從越南河內飛抵香港。惟運輸及房屋局其後表示，國泰港龍航空全面停飛後，必需將航權交還特區政府，不能自行轉讓予其他公司，因此國泰港龍航空的航權將會被交還予政府再重新分配。

2020年11月27日，政府刊憲宣佈港龍航空有限公司(國泰港龍)在11月11日已將牌照交回空運牌照局，有關牌照已被注銷。