爭議

早在環評報告未出爐前，已有人質疑1,300多億的工程造價能否換來預期效益，生怕它變成「廣深港高鐵工程 (香港段)」的翻版，故應該把公帑用於其他社會項目。由於造價龐大，政府、機管局的資金及融資安排亦受到關注。雖然有指「三跑道方案」的工程，在50年後預計有9,000多億元的經濟收益，但過程中需要花費資源進行一系列節能、減排和保護生態的措施，估計最終未能獲得預期的效益。

2011年，機場管理局提出三跑道方案時，已有環保人士擔心工程對生態環境造成的影響，亦可能影響漁獲。今年4月工程環境評估報告出爐後，針對工程危害中華白海豚的生態，引起環保團體及保育人士的強烈反彈，。中華白海豚為頻臨絕種的海洋生物，在珠三角一帶和香港活躍，現時只剩下2,500 條。填海工程逼使中華白海豚改變活動範圍，加上工程所帶來的土地和水質污染，嚴重影響中華白海豚的棲息和活動空間。機管局在環評報告提出在2023年建設海岸公園作為補償，忽略施工期間對中華白海豚的生態的影響，深怕數量只會愈來愈少。

世界自然基金會 (香港分會) 指出，在填海興建機場及港珠澳大橋興建前，海豚活動範圍本來可以很闊，興建新機場時填海的938公頃水域，曾經是中華白海豚的活躍地；而港珠澳大橋的填海工程又影響了香港水域內約200公頃海床，一旦第三條跑道動工，將再涉及650公頃填海範圍，換言之，中華白海豚將再次減少活動空間和棲息地。這一點不能輕易依靠緩解方案來彌補，如政府早年為補償港珠澳大橋人工島填海工程而損失的中華白海豚棲息地，承諾在工程完成後，於2016年闢設大小磨刀洲海岸公園。當港珠澳大橋工程展開，該區的中華白海豚數量急跌，連續多個月甚少發現牠們的縱影。港珠澳大橋的工程和大小磨刀洲海岸公園的實際成效受到質疑，中華白海豚會否回來使用新海岸公園仍成疑問。他們勸喻機管局及政府相關部門盡快審視過去發展項目中採用的環境補償方案成效，避免在三跑道工程中重蹈覆轍。