種類

疫苗一般分為兩類：預防性疫苗和治療性疫苗。預防性疫苗主要用於疾病的預防，接受者為健康個體或新生兒；治療性疫苗主要用於患病的個體，接受者為患者。

根據傳統和習慣又可分為減毒活疫苗、滅活疫苗、抗毒素、亞單位疫苗（含多肽疫苗）、載體疫苗、核酸疫苗等。

減毒活疫苗（live-attenuated vaccine）

這一類的病毒疫苗多具有超過90%的效力，其保護作用通常延續多年。它的突出優勢是病原體在宿主覆制產生一個抗原刺激，抗原數量、性質和位置均與天然感染相似，所以免疫原性一般很強，甚至不需要加強免疫。這種突出的優勢同時也存在潛在的危險性：在免疫力差的部分個體可引發感染；突變可能恢覆毒力。後者隨著病原毒力的分子基礎的認識可更合理地進行減毒，可能使其減毒更為確實並不能恢覆毒力。

滅活疫苗（inactivated vaccine）

與減毒活疫苗相比滅活疫苗採用的是非覆制性抗原（死疫苗），因此，其安全性好，但免疫原性也變弱，往往必須加強免疫。需要注意的是，並不是所有病原體經滅活後均可以成為高效疫苗：其中一些疫苗是高效的，如索爾克注射用脊髓灰質炎疫苗（IPV）或甲肝疫苗；其它則是一些低效、短持續期的疫苗，如滅活後可注射的霍亂疫苗，幾乎已被放棄；還有一些部分滅活疫苗的效力低，需要提高其保護率和免疫的持續期，如傳統的滅活流感和傷寒疫苗。這些低效疫苗大多數將被新型疫苗代替。

類毒素疫苗 (toxoid)

當疾病的病理變化主要是由於強力外毒素或腸毒素引起時，類毒素疫苗具有很大的意義，如破傷風和白喉的疫苗。一般來說，腸毒素的類毒素很少成功。然而腸毒素型大腸桿菌的熱穩定性腸毒素（LT）經遺傳改造的去毒變構體，有希望成為有效的旅行者腹瀉疫苗。霍亂毒素（CT）對應的突變可能成為更為重要的疫苗。這兩種毒素的變異體甚至可以誘導很好的粘膜免疫，也是有希望的粘膜免疫佐劑。

當前使用的類毒素疫苗多是採用傳統技術製造。這些疫苗如白喉和破傷風疫苗含有很多不純成分，而且將毒素變為類毒素的甲醛處理過程也導致與來自培養基的牛源多肽交聯，從而最後產生不必要的抗原。因此，研究一個突變、非毒性純分子作為一種新疫苗可以提高這些疫苗的質量和效力，如將白喉毒素52位谷氨酸替換成甘氨酸，可導致毒性丟失，且可與白喉毒素交叉反應。

亞單位疫苗與多肽疫苗 (Subunit vaccine and peptide vaccines)

DNA重組技術使得獲取大量純抗原分子成為可能。這與以病原體為原料制備的疫苗相比在技術上發生了革命性變化，使得質量更易控制，價格也更高。從效果來看，有些亞單位疫苗，如非細胞百日咳、HBsAg等，在低劑量就具有高免疫原性；而另外一些疫苗的免疫力則較低，要求比鋁鹽更強的佐劑。

肽疫苗通常由化學合成技術製造。其優點是成分更加簡單，質量更易控制。但隨著免疫原分子量和結構覆雜性的降低，免疫原性也顯著降低。因此，這些疫苗一般需要特殊的結構設計、特殊的遞送系統或佐劑。

載體疫苗(Adenovirus Vector)

載體疫苗將抗原基因通過無害的微生物這種載體進入體內誘導免疫應答。它的特點是組合了減毒活疫苗強有力的免疫原性和亞單位疫苗的準確度兩個優勢。這種活載體疫苗的一個顯著好處是可以有效在體內誘導細胞免疫，這在目前誘導細胞免疫方法還不夠好、細胞免疫在一些疾病又特別重要的背景下顯得很有前景。在試驗中使用的重要載體有牛痘病毒的變體、脊髓灰質炎病毒、禽痘病毒、腺病毒、皰疹病毒、沙門菌、志賀菌等。也可以同時構建一個或多個細胞因子基因，這樣可增強免疫反應或者改變免疫反應方向。

核酸疫苗(mRNA)

核酸疫苗也稱之為DNA疫苗或裸DNA疫苗。它與活疫苗的關鍵不同之處是編碼抗原的DNA不會在人或動物體內覆制。核酸疫苗應包含一個能在哺乳細胞高效表達的強啟動子元件例如人巨細胞病毒的中早期啟動子；同時也需含有一個合適的mRNA轉錄終止序列。肌內注射後，DNA進入胞漿，然後到達肌細胞核，但並不整合到基因組。作為基因槍方法的靶細胞，肌細胞和樹突狀細胞均沒有高速的分裂增殖現象，他們與質粒也沒有高度的同源，故同源重組可能性較小。

與其它類疫苗相比，核酸疫苗具有潛在而巨大的優越性：①DNA疫苗是誘導產生細胞毒性T細胞應答的為數不多的方法之一；②可以克服蛋白亞基疫苗易發生錯誤折疊和糖基化不完全的問題；③穩定性好，大量的變異可能性很小，易於質量監控；④生產成本較低。⑤理論上可以通過多種質粒的混合物或者構建覆雜的質粒來實現多價疫苗。⑥理論上抗原合成穩定性好將減少加強注射劑量，非常少量（有時是毫微克級）的DNA就可以很好的活化細胞毒性T細胞。

理論上核酸疫苗也存在潛在的問題或者副作用。首先，雖然與宿主DNA同源重組的可能性很小，但隨機插入還是有可能的。雖然還沒有這個問題的定量數據，但是否誘導癌變仍然是一個關注的問題。其次，在不同抗原或不同物種DNA疫苗效價的不同。應正確評價人用疫苗在模型動物的效應。其三，機體免疫調節和效應機制有可能導致對抗原表達細胞的破壞，導致胞內抗原的釋放，激活自身免疫。其四，持續長時間的小劑量抗原的刺激可能導致免疫耐受，從而導致受者對抗原的無反應性。但至今為止的實踐中，尚未發現這些潛在的副作用。

可食用的疫苗(Transgenic Plants Edible Vaccines)

此類疫苗的載體是採用可食用的植物如馬鈴薯、香蕉、番茄的細胞，通過食用其果實或其它成分而啟動保護性免疫反應。植物細胞作為天然生物膠囊可將抗原有效遞送到粘膜下淋巴系統。這是目前為數不多的有效啟動粘膜免疫的形式。因此，對於粘膜感染性疾病有很好的發展前景。